Merkys turi labai aiškų savo veidą. Didelė jo dalis teka per smėlingą ir miškingą Dzūkijos kraštą, todėl prie upės dažnai pasitinka pušynai, sausesni šlaitai, smėlio atodangos ir gana švariai matoma vaga. Vanduo čia išsiskiria tuo, kad didelę dalį nuotėkio sudaro požeminis maitinimas. Dėl to net vasarą Merkys išlieka vėsesnis už daugelį kitų Lietuvos upių.
Vienas svarbiausių dalykų, kurį verta žinoti prieš renkantis vietą, yra Merkio-Vokės kanalas ties Žagarine. Į jį nukreipiama didelė dalis aukštupio vandens, todėl žemiau kanalo Merkys kurį laiką tampa gerokai mažesnis, seklesnis ir vietomis labiau apžėlęs. Toliau, įtekėjus intakams, upė pamažu atsigauna. Ties Valkininkais ji jau yra daug pilnesnė, o dar žemiau, priėmusi Šalčios, Versekos, Varėnės, Ūlos, Grūdos ir kitų intakų vandenį, Merkys tampa visiškai kitos apimties upe.
Iki Varėnos dugne daug kur vyrauja smėlis. Žemiau miesto upė pasiekia kietesnius moreninius sluoksnius, todėl atsiranda daugiau akmenų, riedulių ir rėvų. Žvejui tai praktiškai svarbiau už bendrą upės ilgį: keičiasi srovė, dugno reljefas ir vietų, kuriose galima laikytis žuviai, pobūdis. Vagos plotis irgi labai skiriasi - kai kur ji tesiekia keliolika metrų, o žemiau didesnių intakų išplatėja iki kelių dešimčių metrų.
Merkio krantai nėra visur patogūs. Yra atvirų pievų, smėlėtų priėjimų, tačiau nemažai ruožų slepiasi tarp miškų, stačių šlaitų ar skardžių. Dėl to vieta, kuri palydoviniame žemėlapyje atrodo visai šalia kelio, realybėje gali pareikalauti ilgesnio ėjimo. Ypač žemupyje verta pasižiūrėti ne tik privažiavimą, bet ir reljefą prie pat upės.
Nuo Purplių iki žiočių Merkys teka per Dzūkijos nacionalinį parką, o pati Nemuno ir Merkio santaka prie Merkinės yra viena ryškiausių šios upės vietų. Čia jau sunku Merkį vadinti nedidele Dzūkijos upe - į Nemuną jis ateina surinkęs didelio miškingo baseino vandenis.
Merkys svarbus ir kaip lašišinių žuvų upė, todėl prieš žvejybą būtina tikrinti konkrečiam ruožui bei sezonui galiojančias taisykles. Čia tai nėra formalumas: skirtingoms atkarpoms gali būti taikomi papildomi reikalavimai ar ribojimai.
