Žeimena prasideda ties Kaltanėnais, ištekėdama iš ilgo Žeimenio ežero. Tai iš karto jaučiama ir pačioje upėje - čia nėra vos kelių metrų pločio aukštupio, kurį dar reikia „užauginti“ intakams. Nuo pirmųjų kilometrų Žeimena turi aiškią vagą ir nemažą vandens kiekį, o pakrantėse vyrauja Aukštaitijai būdingi pušynai, smėlingesnis gruntas ir miškingas slėnis.
Iki Pabradės upė daug kur vingiuoja 12-40 metrų pločio vaga. Gylis dažniausiai svyruoja apie 1,2-2,1 metro, tačiau vienodo dugno tikėtis nereikėtų. Kur srovė remiasi į išorinį posūkį, vaga pagilėja; ties seklesniais perėjimais vanduo pagreitėja, o už jų vėl nurimsta. Žeimenoje tokie skirtumai lengvai pastebimi ir nuo kranto, ypač kai vanduo nėra pakilęs.
Kelionėje į pietus upę papildo keli nemaži intakai. Lakajos, Meros, Kiaunos ar Dubingos santakos nėra tik pavadinimai žemėlapyje - jos pakeičia srovę, atneša papildomo vandens ir suformuoja kitokį dugną. Jei tiesi pakrantės atkarpa atrodo tuščia, santaka ar ryškesnis vingis dažnai būna daug prasmingesnis taškas pradėti vietos paiešką.
Pabradėje Žeimena jau plati ir gerai matoma miesto dalis. Čia į ją įteka Dubinga, yra keli tiltai ir lengvesni priėjimai, tačiau upė ties miestu nesibaigia. Dar maždaug 11 kilometrų ji teka pietvakarių kryptimi ir ties Santakos kaimu įsilieja į Nerį. Žemiau Pabradės vaga vietomis siekia apie 50 metrų, todėl tai jau gana rimtas vanduo, kuriame pagrindinės srovės linija nebūtinai eina arti kranto.
Didelė Žeimenos dalis saugoma. Aukštupys patenka į Aukštaitijos nacionalinį parką, toliau yra kraštovaizdžio ir ichtiologinio draustinio teritorijų. Upės baseinas ypač svarbus migruojančioms lašišinėms žuvims, todėl planuojant žvejybą čia būtina tikrinti konkrečiam sezonui ir ruožui galiojančius ribojimus. Tai viena iš tų upių, kur taisyklių patikrinimas nėra formalus punktas prieš kelionę.
